Os protocolos ou memorandos de entendimento são instrumentos jurídicos de cariz não vinculativo, que visam estabelecer e regular a prossecução de finalidades comuns entre os signatários. No que respeita ao Instituto Diplomático, estes documentos regulam as relações com congéneres e outras instituições nacionais e internacionais, em matérias como a formação diplomática, a troca de documentação, a facilitação de acesso a materiais documentais, ou outros assuntos no âmbito das suas competências.